株式譲渡にかかる税金(個人・法人)

中小企業のM&Aにおいてよく用いられているのが株式譲渡（譲受）スキームです。株式譲渡に関する税務上の論点は以下のとおりです。

1.株主が個人の場合の税金

①所得の種類

申告分離課税方式の譲渡所得になります。なお、平成25年度税制改正により上場株式等と非上場株式等との間で譲渡損益の通算は原則としてできなくなっています。

②所得の計算方法

所得の計算方法で論点になるのは、取得費と譲渡時に支払った手数料の処理です。

取得費について

株式等を取得した時に支払った代金の他、購入のために要した費用がある場合にはその費用の額も取得費に含めます。

同一銘柄の株式等を2回以上にわたって購入している場合

同一銘柄の株式等を2回以上にわたって購入し、その株式等の一部を譲渡した場合の取得費は、総平均法に準ずる方法によって求めた1単位当たりの価額を基に計算します。

取得費が分からない場合

譲渡した株式等の取得費が分からない場合には、同一銘柄の株式等ごとに、売却代金の5％相当額を取得費の額とすることが認められています。実際の取得費が売却代金の5％相当額を下回る場合にも同様の処理が認められます。

仲介手数料について

株式を譲渡する際に仲介業者等に支払った手数料は上記の必要経費に含めます。

③税率

税率は上記の通り、一律20％（所得税：15%＋住民税5%）です。ただし平成25年から令和19年までは復興特別所得税として各年分の基準所得税額（15％）に2.1％を乗じた額を所得税と合わせて申告・納付します。

つまり所得税は15％×（1+2.1％）＝15.315％となりますので、住民税を加えると譲渡所得等にかかる税率は20.315％となります。

2.株主が法人の場合の税金

①譲渡益の扱い

出資比率に応じて「関係会社株式売却益」や「投資有価証券売却益」などの勘定科目に計上します。

②譲渡益の計算方法

法人株主の取得価額については、個人株主の「取得費が分からない場合」の適用はありません。株式を取得した際に仲介手数料を支払った場合は諸経費として取得価額に含めます。一方、株式を譲渡した際に仲介手数料を支払った場合は費用計上します。

③税率

実効税率は以下のように計算します。

実効税率は各都道府県によって異なりますし、外形標準課税が適用されるか否か（資本金1億円超が適用）でも異なりますが、概ね30～35％です。